1. 全球变化环境下流感时空传播模拟与预警系统研究，构建全球变化影响流感时空传播的模拟、预警与辅助决策系统。
2. 禽流感时空传播模型预测与防控策略研究，深入研究和总结H5N1亚型等禽流感病毒的时空流行规律和演化趋势。
3. 全球H5N1和H9N2流感病毒的分子流行病学研究，阐明了世界H9N2流感病毒系统发育的多样性和基因型的复杂性。
4. 我国H5N1猪流感病毒的抗原性、致病性、耐药性及遗传变异机制研究，阐明了中国H5N1猪流感病毒的遗传演化关系、病毒跨宿主感染的传播机制以及猪流感病毒在公共卫生学上的地位。
5. 我国野生动物流感病毒的溯源研究，通过对多株野生动物流感病毒的基因组序列分析，在分子水平上揭示了野生动物流感病毒的进化地位和变异特征。

Guoying Dong, Jing Luo, Hong Zhang, Chengmin Wang, Mingxing Duan, Thomas Jude Deliberto, Dale Louis Nolte, Guangju Ji*, and Hongxuan He* (2011) Phylogenetic diversity and genotypical complexity of H9N2 influenza A viruses revealed by genomic sequence analysis. PLoS One 6: e17212. (doi:10.1371/journal.pone.0017212, IF2010: 4.41).

Guoying Dong, Cong Xu, Chengmin Wang, Bin Wu, Jing Luo, Hong Zhang, Dale Louis Nolte, Thomas Jude Deliberto, Guangju Ji*, and HongxuanHe* (2011) Reassortant H9N2 in?uenza viruses containing H5N1-like PB1 genes isolated from black-billed magpies in southern China. PLoS One, 6(9): e25808. (doi:10.1371/journal.pone.0025808, IF2010: 4.41).

在北京师范大学工作期间，作为课题负责人，主持了国家高技术研究发展计划(863计划)《全球变化环境下流感时空传播的模拟与预警系统》课题，该课题旨在建立一套统一的流感地理信息与生物信息数据的 标准化规则；揭示全球变化影响流感的时空传播机制；研发一系列完整的综合地理、生物信息动态融合与提取的技术与算法软件；构建全球变化影响流感时空传播的模拟、预警与辅助决策系统。此外，作为项目技术骨干，参与了国家重点基础研究发展计划（973计划）《利用遗传地理时空模型预测H5N1禽流感病毒的传播及控制策略研究》项目，同时为该项目第二课题《禽流感病毒遗传变异分析》承担单位北京师范大学方面的负责人。

1. 樊富惠（联合培养）

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